Кракозябры, непечатные символы, русская кодировка - это все то, что вы бы ввели в запросе, чтобы узнать как заставить Java понимать русский язык.
   Все очень просто, проще некуда. Java, как любой другой современный язык поддерживает множество кодировок, и русскую кодировку в том числе.
   В моем случае я использую для компиляции и запуска java программы Notepad++.
   Для компиляции добавил следующий параметр:
       -encoding Cp1251
   Для запуска программы:
       -Dfile.encoding=Cp866
   В моем случае кодировка java класса - Cp 1251.